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Covid-19 : Qu’est-ce que Deltacron, le variant recombinant du coronavirus qui mixe Delta et Omicron ?

Ce variant présente à la fois des caractéristiques des souches Delta et Omicron

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  • Un nouveau variant mêlant des caractéristiques des souches Delta et Omicron a été mis au jour en France en janvier.
  • Il est né de co-infections simultanées par les deux souches, dont le génome s’est mêlé pour former Deltacron, un variant dit recombinant.
  • Est-il pour autant plus dangereux ? Faut-il s’inquiéter de sa propagation ? 20 Minutes fait le point sur ce que l’on sait de ce nouveau variant.
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Il n’a pas été bien difficile à baptiser. Apparu ces dernières semaines en plein chevauchement des vagues épidémiques de Delta puis d’Omicron, le rejeton Deltacron est la synthèse de ses deux parents.

Deux ans après le début officiel de la pandémie, l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) vient de reconnaître l’existence de ce variant Deltacron. Est-il plus dangereux ? Faut-il s’inquiéter de sa propagation ? 20 Minutes fait le point sur ce que l’on sait de ce variant issu de deux souches du Covid-19.

Qu’est-ce que Deltacron et où a-t-il été mis au jour ?

Comme son nom l’indique, Deltacron est un variant hybride, qui combine dans une même cellule à la fois des caractéristiques de Delta, et d’autres d’Omicron. Par quel mécanisme ? « Lors de la co-infection d’un individu par deux variants différents, une nouvelle souche, dont le génome est une mosaïque des deux variants initiaux, peut émerger », explique Santé publique France, qui a mené une analyse de risques sur les variants émergents du SARS-CoV2.

Plus qu’un simple variant, Deltacron, qui répond au nom scientifique de AY.4/BA.1, est un variant dit recombinant. « Nous avons connaissance de cette recombinaison. C’est une combinaison entre Delta AY.4 et Omicron BA.1 », a confirmé mercredi Maria Van Kerkhove, épidémiologiste en chef à l’OMS, illustrant ainsi la reconnaissance par l’OMS de ce variant Deltacron.

Et c’est en France que ce recombinant a été détecté pour la première fois, sur un prélèvement effectué le 17 janvier, détaille Santé publique France, qui a mis en place un suivi renforcé de ces co-infections Delta/Omicron « afin de détecter au plus tôt les possibles recombinants ».

Faut-il s’inquiéter de l’apparition de ce recombinant ? Est-ce plus dangereux ?

« Nous savions que des événements recombinants pouvaient se produire, chez l’homme ou l’animal, avec de multiples variants du SARS-CoV2 en circulation. Il faut attendre des travaux complémentaires pour déterminer les propriétés de ce virus », a renchéri mardi sur Twitter Soumya Swaminathan, scientifique en chef de l'OMS. Avant d’insister sur « l’importance du séquençage, de l’analyse et du partage rapide des données alors que nous faisons face à cette pandémie ». Car aujourd’hui encore, « il est difficile de prédire quelles seront les caractéristiques d’un tel recombinant par rapport aux deux variants parentaux et d’anticiper son impact en santé publique. C’est pourquoi les recombinants du SARS-CoV-2 font l’objet d’une surveillance attentive à l’échelle internationale », abonde Santé publique France.

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Toutefois, ces recombinants, bien que « difficiles à détecter, ne sont généralement pas préoccupants en termes de santé publique », rassure l’agence sanitaire. Selon les chercheurs, le phénomène donc n’est ni rare, ni intrinsèquement inquiétant. « Avant l’émergence d’Omicron, très peu d’évènements de recombinaison entre deux variants du SARS-CoV-2 ont été rapportés, car la proximité génétique entre les virus circulants rendait la détection de recombinants impossible, poursuit Santé publique France. Mais entre décembre 2021 et janvier 2022, Delta et Omicron ont co-circulé au sein d’une vague épidémique importante, ce qui a augmenté la probabilité d’émergence de recombinants. Plusieurs détections de recombinants Delta/Omicron ont été rapportés ».

En pratique, « cela se produit chaque fois que nous sommes dans une période de transition d’un variant dominant à un autre, et c’est généralement une curiosité scientifique, mais rien de plus que cela », a déclaré au Guardian le Dr Jeffrey Barrett, qui dirigeait auparavant l’initiative génomique Covid-19 au Wellcome Trust Sanger Institut. D’ailleurs, confirme Santé publique France, « ce phénomène de recombinaison est fréquent avec le SARS-CoV-2, une étude américaine réalisée sur 1,6 million de génomes du SARS-CoV-2 ayant identifié 2,7 % de recombinants ».

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Où sa présence a-t-elle été confirmée ?

Pour l’heure, la diffusion de ce recombinant du coronavirus est très restreinte. Selon les éléments de la base de données EMERGEN (le Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne coordonné par Santé publique France et l'ANRS-Maladies infectieuses émergentes), « au 21 janvier, 10 séquences pouvant correspondre à un recombinant Delta/Omicron ont été identifiées en France », rapporte Santé publique France. Un mois plus tard, le 21 février, 59 co-infections Delta/Omicron probables ont été identifiées en France. En outre, 8 cas ont été identifiés au Danemark, et un aux Pays Bas ainsi qu’en Allemagne.

Mais alors qu’aujourd’hui, une vague de levée des restrictions sanitaires déferle sur l’Europe, « L’OMS s’inquiète du fait que plusieurs pays réduisent drastiquement les tests de dépistage, a déploré vendredi le directeur de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, à l’occasion du deuxième anniversaire de la pandémie. Cela inhibe notre capacité à voir où se trouve le virus, comment il se propage et comment il évolue. Les tests restent un outil vital dans notre lutte contre la pandémie, dans le cadre d’une stratégie globale ».

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